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1530年(明嘉靖九年)嘉靖皇帝厘定祀典,决定按照南京帝王庙样式,在北京建历代帝王庙。右春坊右中允廖道南提出撤除灵济宫徐知证、徐知谔二神像,改设历代帝王神位及历代名臣神位。礼部研究后认为灵济宫地方窄隘,不足以改设帝王寝庙。嘉靖皇帝命工部另择别地建庙。(《日下旧闻考》) 1531年(明嘉靖十年)正月十二日,工部报上建帝王庙地新址,在阜成门内保安寺旧址处,该处旧为官地,后一部分改置神武后卫,另一部分由中官陈林建私宅。此处地势整洁,且通西坛,适合建帝王庙。嘉靖皇帝认为可以。(《明世宗实录》)
1531年(明嘉靖十年)二月,嘉靖皇帝在北京皇宫文华殿躬祭历代帝王。正殿设帝王五坛一十六位,丹陛东西分设名臣四坛,共三十七人。(《明世宗实录》)
1531年(明嘉靖十年)三月十七日(壬寅),北京历代帝王庙修建动工,遣工部尚书蒋瑶行祭礼,右侍郎钱如京提督工程。(《明世宗实录》) 1531年(明嘉靖十年)五月,礼部议帝王庙名臣牌位,视太庙功臣式,帝王神牌量增高广,以别隆杀,帝王朱地金书,名臣赤地墨书。嘉靖皇帝认为可以。(《明世宗实录》)
1531年(明嘉靖十年)九月,翰林院修撰姚涞请求在北京和南京的帝王庙中罢黜元世祖的神位。礼部复议后认为:“胡元受命九世,世祖最贤,其一代之治有足称者。所谓夷狄而进于中国,则中国之亦春秋兴言之法。且自古帝王常优崇胜国,以昭忠厚,太祖神谋睿断,必有见于此,载在祀典百余年,于兹矣,宜遵旧制,庙视如故。嘉靖皇帝同意礼部的意见,在帝王庙中保留元世祖的神位。(《明世宗实录》) 1531年(明嘉靖十年)9月,历代帝王庙建成,嘉靖皇帝命嘉奖督工右侍郎钱如京支从二品俸,员外张集等各升赏有差。(《明世宗实录》)帝王庙庙门三间,景德门五间,正殿名景德崇圣殿,面阔九间,进深五间,内设五龛,设主不设像,中龛三皇,伏羲、神农、黄帝神位,左一龛五帝,少昊、颛顼、帝喾、尧、舜神位,右一龛三王,夏禹王、商汤王、周武王神位,左二龛汉高祖、汉光武帝神位,右二龛唐太宗、宋太祖、元世祖神位。东西两庑共设四坛,从祀三十七名臣。南砌二燎炉,殿后为祭器库。东有神库、神厨、宰牲亭、钟楼。大门前为庙街,有东西二坊,名曰景德,立下马碑。 1532年(明嘉靖十一年)8月,礼部上奏:北京历代帝王庙建成,请嘉靖皇帝到历代帝王庙亲祭历代帝王,并报上皇帝亲祭礼仪。嘉靖皇帝指示正殿中龛三皇位前由皇帝亲自奠献,左右四龛由郭勋、李时行礼,东西配殿从祀名臣由成国公朱凤、尚书王宪、夏言、汪锐分献。(《明世宗实录》) 1532年(明嘉靖十一年)8月甲午,嘉靖皇帝到帝王庙躬祭历代帝王。翰林院侍讲学士廖道南以皇帝亲祭历代帝王礼成,敬献景德崇圣颂。(《明世宗实录》) 1545年(明嘉靖二十四年)二月庚子,礼部给事中陈棐请求将帝王庙中元世祖及穆呼哩、博尔忽、赤老温、伯颜等五人的神位撤销,嘉靖皇帝同意,同时撤销了南京帝王庙中的元世祖像。(《明世宗实录》) 1595年(万历二十三年)“是岁九月,雷震景德殿,公(袁可立)复条陈阙政:‘若郊视不亲,朝讲久废,章奏之批答不时,宫府之赏罚互异,叙迁有转石之艰,征敛有竭泽之怨。是非倒置,贤奸混淆。□使忠者含怨,直者抱愤,岂应天之实乎? ’疏上,留中。”(明 董其昌《节寰袁公行状》)
1644年(清顺治元年)六月甲申,以故明太祖神牌入历代帝王庙。(《清世祖实录》) 1645年(清顺治二年)三月甲申,将辽太祖、金太祖、金世宗、元太祖及其功臣耶曷鲁、黏没忽、斡里不、木华黎、伯颜等俱请入帝王庙内享祀。同时,将大明国创业之君明太祖及功臣徐达、刘基,一并入庙享祀。从而使帝王庙内享祀的帝王增加到二十一位,享祀的名臣增加到四十一位,包括新增祀的唐臣张巡、许远在内。(《清世祖实录》) 1646年(顺治八年)三月癸卯,定祭祀斋戒例,其中,祭祀历代帝王斋戒二日,于太和殿设斋戒牌、铜人。(《清世祖实录》)
1646年(顺治八年)清廷命辅国公叶布舒、镇国公高塞、都统柏达里、散秩大臣完颜洪阿等与明代遗臣及太监,用黄舆把明代神主移往历代帝王庙。 1656年(顺治十三年)十二月己亥,顺治皇帝谕礼部:“古来圣帝明王皆有大功德于民者,所以累代相因,崇祀不替。今历代帝王庙祭典虽已修举,但十三年来,俱系遣官致祭。朕今欲于明春亲诣行礼,以抒景仰前徽至意。尔部即酌议礼仪具奏”。(《清世祖实录》)
1656年(顺治十三年)十二月庚子,礼部奏定皇上躬祭历代帝王仪注。(《清世祖实录》)
1657年(顺治十四年)三月丁酉,顺治皇帝到历代帝王庙亲祭历代帝王,行二跪六叩首礼。(《清世祖实录》)
1657年(顺治十四年)十一月乙己,顺治皇帝对礼部说,“祭祀关国家大典,应用乐器,尤所以感格神明,必考辨精良,始足肃将诚悃(kun)。朕观近来各坛庙所用乐器,其中尚有敝坏,非朕祗事天地、祖宗、社稷及致敬古帝王圣贤之意。尔部即详行察验,应加修整者,节次开列奏请,以便内府修理换给”。此后修理历代帝王庙所用乐器。(《清世祖实录》)