1969年7月，兵团直属团级企业化纤厂列自治区重点建设项目，纺织车间和化纤车间分别建在呼和浩特市南郊大台什村原内蒙古农业学校和西郊孔家营村。兵团战士参加了工厂基建和车间建设，到外地培训后的387名女知青战士成为技术骨干，第二年正式投产，5年为国家生产了大批紧缺的化纤混纺布，填补了自治区化学纤维纺织品的空白。
各农牧业团还种蔬菜、养猪，解决副食品自给问题。但在“左”的思想指导下，事事讲突出政治，没有从实际出发的长远规划，缺乏生产经验，尽管干部战士风餐露宿、流血流汗，付出了艰辛的劳动，但由于生产成本高，出现了亏损，粮食始终没有实现自给。
不少兵团战士承受着双重压力，一是艰苦的劳动和生活的压力，二是极“左”思想的压力。1974年在“批林批孔”运动中，二师十九团发生了闻名全国的“王亚卓（王文尧、恩亚立、邢卓三位知青的合称）政治冤案”。在“四人帮”的操纵下，北京市海淀区小学生黄帅在日记中，大批“师道尊严”。王亚卓给黄帅写信，提出善意的批评。“四人帮”上纲上线，横加罪名，王亚卓受到处分。
大火夺去69条兵团战士的鲜活生命。1972年5月5日，锡林郭勒盟乌珠穆沁草原刮起了大风，兵团五师四十三团二连一名战士将做过饭的热灰倒在草地上，引起草原大火。该团四连干部战士紧急集合奔赴火场救火。由于指挥不当，迎着火势扑打，很快被闷进火海，战士们奋不顾身、不怕牺牲，大火夺取了69个鲜活的生命，100名战士被烧伤，有的造成终身残疾。噩耗传来，兵团政委倪子文等当天赶赴现场，进行善后工作。第二天，内蒙古党委第一书记、军区司令员尤太忠赶到查看灾情，听取汇报，带来直升机迅速将伤员送往呼和浩特市各大医院救治。兵团政治部批准授予69名知青战士烈士称号，为杜恒昌、胡国利、吴炳义、王占祥4位烈士追记一等功。
兵团的改制撤销。1975年4月20日，自治区革委会向国务院、中央军委上报了《关于改变内蒙古生产建设兵团体制问题的请示》，6月24日得到批准后，撤销了兵团、师两级机构，农牧业团改为国营农牧场，多数归盟市领导，个别的由旗县领导。兵团的34个厂矿企业，规模较大的移交盟市工交、建委、国防工办系统，其他企业划归自治区、盟市农管局和农牧场。兵团战士升学、参军、招工和口粮标准、公费医疗、探亲、病退、困退等政策一律不变。