据相关资料记载:农一师前身系土地革命时期的湘赣红军独立第一师,后为中国工农红军二方面军六军团,抗日战争期间为八路军一二0师三五九旅,1949年2月改编为中国人民解放军一野一兵团二军步兵第五师。
1949年10月,步兵第五师从甘肃酒泉出发,同年11月29日,师直属单位进驻阿克苏,所辖四个团分别驻库车、温宿、和田、且末。
1953年6月5日,新疆军区奉西北军区转中央军委命令,步兵第五师整编为农一师,隶属新疆军区管辖。1954年1月隶属南疆军区代管。同年10月隶属新疆军区生产建设兵团建制。